Para construir o Museu do Amanhã, o município do Rio realocou R$ 112,3 milhões que eram destinados a obras de infraestrutura em uma favela, o Morro do Pinto. O jornal Estado de S. Paulo teve acesso ao relatório da auditoria feita no Porto Maravilha por ordem da Prefeitura do Rio. Segundo o jornal, o documento, entregue ao Tribunal de Contas do Município e à Câmara Municipal cita um aditivo feito em contrato da Concessionária Porto Novo S.A., em abril de 2012, para obras na região.
‘‘A auditoria da Companhia de Desenvolvimento Urbano da Região do Porto do Rio de Janeiro (Cdurp) no Porto Maravilha constatou ainda que quase 3/4 do dinheiro destinado ao fomento da cultura na região portuária (R$ 89,9 milhões de um total de R$ 122,7 milhões) foram investidos apenas em duas instituições: o Museu do Amanhã e o Museu de Arte do Rio (MAR)’’, afirma a reportagem. O Instituto Pretos Novos (IPN), centro de memória da população africana no Brasil, por exemplo, recebeu R$ 355 mil e agora faltam recursos para manter o trabalho. ‘‘A operação financeira que criou R$ 3,5 bilhões em Cepacs, porém, previa que 3% desse dinheiro deveria ser aplicado no fomento da cultura em toda a região”. À época da publicação da reportagem, tramitava na Assembleia Legislativa fluminense um projeto para a abertura de uma Comissão Parlamentar de Inquérito (CPI) para investigar o processo de revitalização da região portuária.