A Igreja de São Francisco da Prainha foi construída em 1696 pelo Padre Francisco da Motta e doada em testamento para a Ordem Terceira de São Francisco da Penitência em 1704. O local esteve fechado de 2004 a 2014 pela Defesa Civil por problemas de conservação. É tombada pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) como monumento artístico e está aberta à visitação de segunda a sexta-feira, das 9h às 11h30 e das 13h às 16h.
A igreja foi reedificada em 1740 após o local ser destruído durante um incêndio causado pela invasão francesa, em 1710, chefiada por Jean-François Duclerc. As tropas de Duclerc estavam encurraladas entre a capela e um trapiche que pertencia à Ordem Terceira de São Francisco da Penitência. ‘‘Para provocar a rendição do inimigo, o então governador Castro Morais ordenou o incêndio dos dois prédios. Por alguns anos, tudo ficou em ruínas, até que a Ordem mandou reedificar o trapiche, à época, o mais importante da cidade’’.