O Mosteiro de São Bento foi fundado em 1590 por monges beneditinos vindos da Bahia e construído a pedido dos próprios habitantes da recém-fundada cidade de São Sebastião. O mosteiro tem, a seu lado, umas das escolas mais tradicionais do Brasil: o Colégio de São Bento, fundado em 1858.
O interior da igreja é forrado com talha dourada que vai do estilo barroco de fins do século 17 ao rococó da segunda metade do século 18. O monge português frei Domingos da Conceição (1643-1718) foi o primeiro escultor da igreja; desenhou e esculpiu parte da talha da nave e capela-mor, substituída depois.